par Marefati, Maryam 
Président du jury Lybaert, Pascale
Promoteur Garcia, Marie-Isabelle
Publication Non publié, 2024-11-28
Président du jury Lybaert, Pascale
Promoteur Garcia, Marie-Isabelle
Publication Non publié, 2024-11-28
Thèse de doctorat
| Résumé : | Our study is based on the serendipitous observation that the dissociation of adult intestinal tissue by collagenase/dispase generates stably replatable spheroids upon culture in matrigel. Surprisingly, and contrary to canonical EDTA-generated intestinal organoids and fetal spheroids, these spheroids are not traced in Rosa26Tomato mice harboring a Vil1Cre transgene, despite robustly expressing endogenous Villin. Our interpretation is that adult intestinal spheroids originate from a cell lineage distinct from the main developmental intestinal lineage, in which the Vil1Cre transgene is unexpectedly not expressed, probably due to the absence of cis-regulatory sequences required for expression in this lineage.The transcriptome of adult spheroids shares a gene signature with the YAP/TAZ signature commonly expressed in models of intestinal regeneration. This led us to look for Vil1Cre-negative crypts in the regenerating intestines of Lgr5/DTR mice, in which Lgr5-positive stem cells had been ablated following diphtheria toxin injections. Numerous Vil1Cre-negative clones were observed, identifying a novel lineage of stem cells implicated in intestinal regeneration.FACS purification and scRNAseq analysis of the rare Vil1Cre-negative cells present during homeostasis identified a population of cells with characteristics of quiescent stem cells that are distinct from CBCs.In sum, we believe that our study demonstrates the existence of a previously undescribed stem cell lineage involved in intestinal regeneration. It suggests the presence of a hierarchical model of intestinal regeneration in addition to the well-accepted plasticity model. |
| Notre étude est basée sur l'observation fortuite que la dissociation du tissu intestinal adulte par la collagénase/dispase génère des sphéroïdes pouvant être repiqués de manière stable lorsqu'ils sont cultivés dans du matrigel. De manière surprenante, et contrairement aux organoïdes intestinaux canoniques générés par l'EDTA et aux sphéroïdes fœtaux, ces sphéroïdes ne sont pas tracés chez les souris Rosa26Tomato portant un transgène Vil1Cre, malgré une expression robuste de la Villine endogène. Notre interprétation est que les sphéroïdes intestinaux adultes proviennent d'une lignée cellulaire distincte de la principale lignée développementale intestinale. De manière inattendue, le transgène Vil1Cre n'est pas exprimé dans cette lignée, probablement en raison de l'absence de séquences cis-régulatrices nécessaires à l'expression dans cette lignée mais pas dans la majorité des cellules intestinales.Le transcriptome des sphéroïdes adultes partage une signature génétique avec la signature YAP/TAZ couramment exprimée dans les modèles de régénération intestinale. Cela nous a conduits à rechercher des cryptes Vil1Cre-négatives dans les intestins en régénération de souris Lgr5/DTR, dans lesquelles les cellules souches Lgr5-positives avaient été détruites suite à des injections de toxine diphtérique. De nombreux clones Vil1Cre-négatifs ont été observés, identifiant une nouvelle lignée de cellules souches impliquées dans la régénération intestinale.La purification par FACS et l'analyse scRNAseq des rares cellules Vil1Cre-négatives présentes durant l'homéostasie ont identifié une population de cellules présentant des caractéristiques de cellules souches quiescentes qui sont distinctes des CBCs.En résumé, nous pensons que notre étude démontre l'existence d'une lignée de cellules souches précédemment non décrite impliquée dans la régénération intestinale. Elle suggère la présence d'un modèle hiérarchique de régénération intestinale en plus du modèle bien accepté de plasticité tissulaire. |
