Mémoire
| Résumé : | Les R-bodies sont des structures gigantesques protéiques contractiles formées par certainesbactéries et supposées jouer un rôle de défense. Ce mémoire s’est centré sur l’étude des R-bodies dans le genre Chryseobacterium, avec pour objectif principal de comprendrecomment leur architecture génétique, en particulier la redondance du gène reb6, influenceleur morphologie et leur fonction.L’approche bioinformatique a permis d’identifier, au sein de 74 génomes deChryseobacterium, 32 espèces possédant une partie du cluster reb, composé de deux partiesdistinctes (reb1–5 et reb6–9). La seconde partie du cluster présente une organisationrépétitive du gène reb6, codant un peptide hélicoïdal, dont le nombre de copies varie d’uneespèce à l’autre. Ce gène répété avec une identité presque parfaite a été retrouvé jusqu’à sixfois chez C. capnotolerans, et son organisation répétée évoque une structure de R-bodyd’avantage compacte en comparaison avec celle de C. nematophagum. Les expériences dedélétions successives des gènes répétés chez C. nematophagum (Δreb9, Δreb8–9, Δreb7–9)ont confirmé l’hypothèse que leur nombre exerce une influence sur la taille : plus le nombrede répétitions est réduit, plus les R-bodies formés sont petits. L’étude des interactions avecles amibes a confirmé que les souches produisant des R-bodies résistent à la phagocytose, etque la longueur des R-bodies est importante pour ce phénomène. Ces résultats confortentl'hypothèse précédente selon laquelle l'extension et la perforation mécanique des membranesseraient importantes pour tuer le prédateur.En conclusion, ce travail souligne le rôle déterminant de la redondance des peptides reb dansla morphogénèse des R-bodies. Il révèle de nouveaux détails sur le mécanisme de défensecontre la prédation phagocytaire, et ouvrent la voie à des études plus poussées sur leurfonction biologique et leur exploitation en biotechnologie. |
