Résumé : Meliponula bocandei et Meliponula ferruginea sont deux espèces de mélipone endémiques du continent africain, particulièrement populaires dans le domaine de la méliponiculture. La hausse d’attrait pour cette pratique au fil des dernières années arrive au stade où la demande dépasse la production, ce qui offre des opportunités économiques aux populations locales et pousse à intensifier les élevages. De même, l’urbanisation rapide et la conversion des terres sauvages en terres agricoles appliquent de nouvelles pressions aux populations indigènes et menacent la diversité génétique de ces deux espèces.Le but de ce mémoire est de (1) analyser la variation génétique présente au sein des populations de ces deux espèces, en caractérisant la diversité génétique et établir l’existence ou non d’une structure génétique entre les colonies échantillonnées, (2) fournir des informations quant au degré d’isolement de ces populations et les relations qu'elles entretiennent entre elles en termes de flux de gènes et (3) tester la présence hypothétique d’un signal phylogéographique dans les régions étudiées. Les marqueurs moléculaires utilisés pour ces analyses sont RNAp, WgL et COI, l’amplification du locus CAD ayant échoué.Les résultats de cette étude suggèrent la présence d’une structure génétique, d’un signal phylogéographique et d’un isolement par la distance entre les populations, avec des résultats particulièrement probants chez M. ferruginea. Les faibles distances géographique entre les localités échantillonnées pour M.bocandei pourraient expliquer la difficulté à fournir des résultats aussi flagrants que pour M.ferruginea. Ces résultats préliminaires pointent vers l’existence d’une structure phylogéographique au sein de l’ensemble des populations de ces deux espèces mais des études supplémentaires utilisant des modèles de coalescence ou autres simulations évolutives, avec un échantillonnage plus exhaustif et en observant un plus grand nombre de locus sont nécessaires pour valider ces premières hypothèses.Ensemble, ces nouvelles études permettraient de guider les efforts de conservation nécessaires au maintien de la diversité génétique et des patrons de distribution génétique actuels présents chez M.ferruginea et M. bocandei, de manière dans le même temps à assurer la pérennité de la méliponiculture et son exploitation en Afrique.