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Auxotrophie chez les bactéries associées aux éponges : évaluation expérimentale de sa fréquence et de son impact sur la coexistence des bactéries

par Casado Molero, Atenea
Président du jury Roisin, Yves
Promoteur George, Isabelle
Publication Non publié, 2023-09-05

Mémoire

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Résumé :

Dans les écosystèmes marins, les éponges représentent un élément essentiel dans la dynamique des habitats marins. Un aspect fondamental des éponges est leur relation symbiotique avec une diversité de microorganismes, parmi lesquels se distinguent les bactéries. Ces bactéries associées aux éponges peuvent jouer un rôle essentiel dans la physiologie et la survie de leurs hôtes, influençant directement la santé et l'adaptation des éponges à leur environnement. L'auxotrophie est définie comme l’incapacité d'un organisme à synthétiser certains composés essentiels (comme acides aminés et vitamines). Il est un phénomène important en microbiologie qui a été étudié sur plusieurs environnement, mais jamais chez les bactéries des éponges. Dans le contexte des bactéries associées aux éponges, l'auxotrophie pourrait être un facteur stabilisant qui détermine les interactions qui ont lieu dans la microbiote des éponges. Ce mémoire se concentre principalement sur la détection de l’auxotrophie au sein de deux possibles espèces d’éponges Atlantiques (Hymeniacidon perlevis et Amphilectus fucorum) pour une gamme d’auxophores (acides aminés et B-Vitamines) sur deux milieux de cultures différente (« Marine Agar » et Milieu Ryback Agar (Ryback et al., 2022). Des pré-cultures liquides de souches isolées des éponges a permis de cultiver des microplaques divisées en quatre conditions de culture (milieu minimal + acides aminés + vitamines, milieu minimal + vitamines, milieu minimal + acides amin+es + milieu minimal) mesurer la DO600 et calculer grâce au package « growthcurver » sur RStudio, les paramètres de croissance plus importantes (max ou vitesse spécifique de croissance et K ou capacité portante) et les comparer. Les résultats ont montré une grand abondance du genre Bacillus sp.,sur les deux milieux et dans les deux spécimens d’éponges. Une corrélation négative entre les deux paramètres de croissance a été trouvée, de façon que la capacité portante a été choisi comme la valeur déterminant de l’auxotrophie. Un total de 16 souches (33,3% de souches étudiés) ont été définis comme auxotrophes. L'étude de l'auxotrophie dans le futur pourrait nous donner une idée du rôle stabilisateur que cette caractéristique a dans les communautés bactériennes et comprendre l'influence qu'elle a sur les interactions entre protrophes et auxotrophes.