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Etude de la résistance aux antibiotiques : développement d’une technique multiplexée de détection de gènes de résistance chez les bactéries Gram-négatives (AMR-ARRAY) et étude de la résistance au linézolide chez les bactéries Gram-positives (LIN-RES)

par Timmermans, Michael
Président du jury Sculier, Jean-Paul
Promoteur Denis, Olivier
Co-Promoteur Boland, Cécile
Publication Non publié, 2022-03-09

Thèse de doctorat

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Résumé :

La vision « One Health » ou « une seule santé », est une vision qui s’accorde à dire que l’humain, les animaux et l’environnement sont intimement liés concernant la santé. Cela implique notamment la résistance aux antibiotiques qui représente aujourd’hui une des plus grandes menaces pour la santé publique selon l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) et l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE). Un des piliers de la lutte contre la résistance aux antimicrobiens (RAM) est la surveillance de la RAM organisée régulièrement et à différentes échelles par et dans différents pays. Le but de cette thèse est d’élaborer des tests moléculaires et d’en montrer les plus-values pour la surveillance de la RAM. Pour ce faire, un outil de détection de déterminants de résistance aux antibiotiques a été développé, l’AMR-ARRAY. Cet outil de biologie moléculaire qui cible un grand nombre de gènes de resistance et de mutations ponctuelles, est compétitif en termes de temps et de coûts comparé à différentes techniques existantes. Cette technologie est rapidement et facilement adaptable et d’utilisation facile. Enfin, elle offre de très bonnes performances avec une sélectivité et une spécificité de 99,3% et 100%. En parallèle, une étude rétrospective a été réalisée sur des souches Escherichia coli résistantes à la colistine isolées d’animaux producteurs de denrées alimentaires (PDA) en Belgique entre 2012 et 2016, intégrant des analyses phénotypiques et génotypiques. Cette étude a montré que la résistance à la colistine était liée à la présence d’un ou plusieurs gènes mcr et a révélé la première observation, à notre connaissance, d’un isolat portant trois gènes mcr différents. Enfin, une surveillance de la résistance au linézolide (LIN-RES) a été effectuée en Belgique en 2019. Celle-ci a révélé un réservoir important d’entérocoques porteuses de gènes de résistance au linézolide chez les animaux PDA de même qu’une grande variabilité génétique. Ces différentes études ont mis en évidence un réservoir de gènes de résistance à des antibiotiques d’importance critique en médecine humaine. Le développement de l’AMR-ARRAY et le projet LIN-RES s’inscrivent dans une optique One Health, intégrant des bactéries isolées depuis différentes origines : animales, nourriture destinée à l’humain ou échantillons humains.L’apport de surveillances dédiées à certains antibiotiques et d’un volet génétique dans la surveillance de la RAM dans une perspective One Health seraient des atouts non négligeables pour une meilleure utilisation des antibiotiques et dans la lutte contre la RAM.Mon travail de recherche souligne l’importance des surveillances de la résistance aux antibiotiques chez les animaux d’élevage en particulier pour des antibiotiques critiques en médecine humaine dans une perspective One Health. Des outils de diagnostic moléculaire permettent à moindre coût de déterminer des mécanismes de résistance d’importance dont la prévalence pourrait être suivie comme déjà établi dans les surveillances chez l’homme.