Résumé : La réponse inflammatoire, initiée par des pathogènes ou des signaux de danger, est requise pour la mise en place de la réponse immune. Ce processus doit être étroitement régulé, au risque de conduire à des dommages tissulaires et à un état inflammatoire chronique. Les cellules du système phagocytaire mononucléé (MPS), comprenant les monocytes, les macrophages et les cellules dendritiques, sont spécialisées dans la surveillance de leur environnement. Lors d’une infection, ces cellules produisent des cytokines inflammatoires suite à la reconnaissance de motifs moléculaires dérivés du pathogène (PAMPs), ce qui conduit à l’initiation et à la polarisation de la réponse immune adaptative. Les fonctions de ces cellules ne se limitent toutefois pas à la présentation antigénique puisqu'elles ont également un rôle de maintien de l’homéostasie, particulièrement important au niveau des tissus situés à l’interface avec l’environnement extérieur tels que la peau, les poumons et l’intestin. Au sein du MPS, les monocytes jouent un rôle majeur dans la défense contre les pathogènes. Ils sont rapidement recrutés sur les sites de l’inflammation où ils exercent des fonctions effectrices à la fois pro-inflammatoires et régulatrices. Les mécanismes moléculaires qui contrôlent ce système dynamique et extrêmement plastique ne sont pas élucidés à ce jour. L’objectif de ce travail a été de caractériser le processus de différenciation qui se produit au sein des monocytes Ly6Chi dans le contexte d’une infection orale aigue à T. gondii, d’évaluer le degré d’hétérogénéité éventuel au sein de cette population en fonction de son environnement, et de déterminer les évènements moléculaires qui se produisent in vivo lors de la différenciation des monocytes en réponse à l’inflammation. Au cours de ce travail, nous avons observé, à l’aide de cytométrie en flux et d’analyses de RT-qPCR sur cellules individuelles, que les monocytes de la moelle osseuse ou qui sont recrutés au niveau de la rate ou de la lamina propria de souris infectées présentaient des états d’activation et des profils d’expression génique distincts. Nous montrons également, sur base d’analyses de l’accessibilité de la chromatine par ATAC-seq que l’acquisition séquentielle de fonctions effectrices, telles que la capacité à produire de l’interleukine-27, est accompagnée de vagues de programmation épigénétiques distinctes, la première se produisant dans la moelle osseuse de façon dépendante des facteurs de transcription (FT) STAT1/IRF1, et la seconde ayant lieu en périphérie, sous le contrôle de AP-1 et de NF-B.