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Cartographie et analyse globale des interactions entre les protéines du virus de l’hépatite C et les protéines cellulaires

par Tafforeau, Lionel ;de Chassey, B;Navratil, V;André, P;Rabourdin-Combe, C;Lotteau, V
Référence Xèmes Journées Francophones de Virologie (27-28 mars 2008: Paris, france)
Publication Non publié, 2008

Communication à un colloque

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Résumé :

-Oral presentation- Le virus de l’hépatite C détourne des mécanismes cellulaires à son propre avantage pour assurer sa réplication et sa survie mais les mécanismes fondamentaux de la réplication virale, la sensibilité au traitements et la pathogénie demeurent encore en grande partie inconnus. Dans le but d’obtenir une vision globale d’une infection par HCV, nous avons cartographié les interactions potentielles entre les protéines du virus et le protéome cellulaire humain. Cet interactome inter-spécifique a été généré en réalisant des cribles double-hybride en levure, en utilisant comme appâts les protéines virales complètes mais aussi des fragments. 314 interactions protéiques potentielles ont ainsi été découvertes. De plus, nous avons extrait de la littérature 170 interactions entre des protéines de HCV et des protéines cellulaires. Ce jeu de données a été intégré dans un interactome humain composé de 9500 protéines et 45000 interactions binaires (généré à partir de données d’interactions protéiques binaires présentes dans différentes bases de données). L'analyse topologique de ce réseau montre que les protéines cellulaires touchées par HCV sont enrichies en protéines fortement connectées ou « hubs », ainsi qu’en protéines avec une forte mesure de centralité, indiquant que le virus de l’hépatite C cible préférentiellement les protéines avec une fonction essentielle. Une analyse globale des annotations fonctionnelles des protéines cellulaires interagissant avec HCV montre un enrichissement significatif pour plusieurs fonctions cellulaires majeures. En particulier, la voie des adhésions focales apparaît comme étant fonctionnellement perturbée par les protéines NS3 et NS5A. Des pathologies métaboliques affectant les patients infectés chroniquement par HCV impliquent notamment la voie de l’insuline et les voies de signalisation de JAK-STAT et du TGFβ. La construction du réseau d’interactions de ces voies montre que ces trois modules fonctionnels peuvent être interconnectés par des protéines qui sont elles-mêmes ciblées par HCV. La protéine Core de HCV apparaît comme un élément perturbateur majeur de ce réseau.