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Vers une taxonomie moléculaire des amphipodes du genre Niphargus : exemples d'utilisation de séquences d'ADN pour l'identification des espèces.

par Flot, Jean-François
Référence Bulletin de la Société des sciences naturelles de l'Ouest de la France, 32, page (62-68)
Publication Publié, 2010-05-12

Article sans comité de lecture

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Résumé :

La taxonomie actuelle des crustacés amphipodes du genre Niphargus se base exclusivement surl'utilisation de caractères morphologiques. Cependant, l'analyse de ces caractères requiert une expertise difficileà acquérir, et dans de nombreux cas les seuls individus qui peuvent être identifiés avec certitude sont les mâlesadultes. L'utilisation de séquences d'ADN permet de pallier ces difficultés et de proposer une identification mêmepour des individus femelles, juvéniles ou dégradés. Deux études de cas sont présentées ici : dans la première, nousidentifions un spécimen dégradé en provenance de Loire-Atlantique en comparant ses séquences d'ADN avec cellesd'échantillons de référence récoltés à proximité ; dans la seconde, nous analysons une population en provenanced'une grotte allemande (Jettenhöhle, dans le sud-ouest du Harz) en comparant son ADN avec les séquences déposéesdans une banque de données internationale (GenBank).Presently, the taxonomy of the crustacean amphipod genus Niphargus is based solely on the analysis of morphologicalcharacters. However, using these characters requires an expertise that is difficult to acquire, and in many casesthe only individuals that can be determined with a high level of certainty are adult males. Using DNA sequencesovercomes these difficulties and makes it possible to propose a determination even for female, juvenile or degradedspecimens. Two case studies are presented here: in the first one, a degraded specimen from the West of France isdetermined by comparing its DNA sequences to those of reference samples collected in the same area; in the secondone, a Niphargus population from a cave in Germany (Jettenhöhle, in the Southern Harz region) is analyzed bycomparing its DNA sequences to those deposited in a public database (GenBank).