Résumé : Les attaques par canaux auxiliaires sont apparues dans la deuxième moitié des années 1990. Ces attaques exploitent différentes informations qu’il est possible de collecter lors de l’exécution d’un algorithme sur un appareil cryptographique. Il est ainsi possible, entre autres, de mesurer la consommation d’énergie d’un appareil cryptographique, ou encore d’observer le temps d’exécution d’un certain algorithme sur un appareil. C’est à ces deux sources d’in- formation que nous nous intéressons dans ce travail. Après une présentation des concepts utiles à la lecture du travail et de l’état de l’art des attaques et des contre-mesures du domaine, nous abordons les résultats de nos recherches effectuées lors de ce travail de thèse. Nous présentons d’abord nos contributions aux attaques par mesure de consommation d’énergie : (1) une approche com- binant apprentissage semi-supervisé et attaques par templates pour retrouver le poids de Hamming des différents bytes d’une clé de chiffrement et (2) une approche utilisant des techniques d’apprentissage automatique pour attaquer une implantation protégée d’AES. Ensuite, nous abordons les contre-mesures investiguées durant nos recherches qui se résument (1) en la possibilité de rendre l’ordre des instructions d’AES le plus aléatoire possible en jouant sur la relation de dépendance entre celles-ci ainsi qu’en (2) l’étude de l’application partielle (sur un sous-ensemble de données) de certaines contre-mesures, afin de protéger les données sensibles d’un algorithme. Enfin, nous terminons ce travail par l’emploi de la programmation orientée aspects comme manière d’implanter des contre-mesures pour les attaques temporelles (sur RSA) et pour les attaques par mesures de consommation d’énergie (sur AES).